Eind van de jaren '70 stond de kerkuil (Tyto alba ) op de "Rode lijst" van de met uitsterven bedreigde diersoorten in België.
Op het einde van 1979 werd een werkgroep opgericht met als voornaamste doel het behoud van de kerkuil als broedvogel in ons land.

In Vlaanderen werd in 1980 door de Kerkuilwerkgroep (toen nog de 'Werkgroep Bescherming Roofvogels', later het 'Nationaal Kerkuilproject') een grootscheepse inventarisatie opgezet. Een gelijkaardige, maar veel kleinschaliger actie werd in Wallonië op touw gezet. Al snel bleek een nijpend tekort aan broedgelegenheid aan de basis te liggen van de sterke achteruitgang van het kerkuilbestand.

Tot en met de zomer van 1986 zag het er voor de Kerkuil niet al te best uit, zijn toekomst was onzeker. Honderden speciale nestkasten werden opgehangen in kerken, schuren, molens, opslagplaatsen, en zelfs bewoonde huizen werden voor de kerkuil aantrekkelijk gemaakt. Heel wat aandacht en zorg werd ook besteed aan het voedselaanbod, vooral in de onmiddellijke omgeving van broedplaatsen. Vanaf 1987 kunnen we dan werkelijk spreken van een explosieve comeback. Opeenvolgende zachte winters en het baanbrekend werk van de Kerkuilwerkgroep hebben de populatie momenteel teruggebracht op het niveau van voor de strenge winter ’62-’63, met meer dan 1500 broedparen in Vlaanderen.

Pas in 1991 kon, na het nodige vooronderzoek en analyse van de resultaten, een concreet soortbeschermingsplan worden uitgeschreven. In 1993 werd de werkgroep gereorganiseerd en onder een nieuwe naam, Kerkuilwerkgroep Vlaanderen, en onder impuls van een Stuurgroep verder uitgebouwd en provinciaal gestructureerd vanaf 1994.

Ter gelegenheid van haar 15-jarig bestaan nam de Kerkuilwerkgroep Vlaanderen in april 1994 het initiatief om een tweedaagse internationale, en bovendien zéér geslaagde workshop over de kerkuil, zijn bescherming en het onderzoek in de buurlanden te organiseren. Een 40-tal 'specialisten' uit binnen- en buitenland namen deel aan deze workshop. Op dit ogenblik worden nog steeds buitenlandse contactpunten binnen dit netwerk door de werkgroep onderhouden. Tijdens deze workshop werden de krijtlijnen getekend voor een nog professioneler en gedetailleerder beschermingsprogramma en -beleid voor de toekomst!

Om de toekomst van de steeds groeiende werkgroep, en in de eerste plaats natuurlijk ook de toekomst van de kerkuil te verzekeren, werd op 28 oktober 1997 een samenwerkingsovereenkomst afgesloten met Vogelbescherming Vlaanderen. De Kerkuilwerkgroep Vlaanderen werkt verder als een afdeling van Vogelbescherming Vlaanderen vzw.

In december 1998 werd binnen de Kerkuilwerkgroep Vlaanderen een 'Studiegroep soortonderzoek' opgestart. Hoewel er al jaren intensief onderzoek naar de Kerkuil wordt gevoerd, bleek er nood aan een forum dat borg kan staan voor een selectieve, wetenschappelijke aanpak en rapportering van de onderzoeksresultaten. Naast de onderbouwing van het soortbeschermingsplan (soortgericht onderzoek), staat de werkgroep ook in voor het ontwikkelen en adviseren van een beschermingsbeleid.

Eind 2017 werd het 40ste werkingsjaar afgesloten. Momenteel broeden er 10 keer meer kerkuilkoppels in Vlaanderen dan 40 jaar geleden. De Kerkuilwerkgroep blijft zich echter zorgen maken over de toekomst.

De verspreiding van de Kerkuil toont immers aan dat de vogel het goed doet in bepaalde regio's, maar daarbuiten komt hij bijna niet voor. De versnippering van zijn leefgebied gaat onverminderd verder, zijn broedplaatsen staan constant onder druk van verstoring. Bovendien sterven er jaarlijks meer en meer kerkuilen in het verkeer.

Verdere beschermingsmaatregelen dringen zich op.