In december 1998 werd binnen de Kerkuilwerkgroep Vlaanderen een 'Studiegroep soortonderzoek' opgestart. Hoewel er al jaren intensief onderzoek naar de Kerkuil wordt gevoerd, bleek er nood aan een forum dat borg kan staan voor een selectieve, wetenschappelijke aanpak en rapportering van de onderzoeksresultaten. Naast de onderbouwing van het soortbeschermingsplan (soortgericht onderzoek), staat de werkgroep ook in voor het ontwikkelen en adviseren van een beschermingsbeleid.

Eind 2017 werd het 40ste werkingsjaar afgesloten. Momenteel broeden er 10 keer meer kerkuilkoppels in Vlaanderen dan 40 jaar geleden. De Kerkuilwerkgroep blijft zich echter zorgen maken over de toekomst.

De verspreiding van de Kerkuil toont immers aan dat de vogel het goed doet in bepaalde regio's, maar daarbuiten komt hij bijna niet voor. De versnippering van zijn leefgebied gaat onverminderd verder, zijn broedplaatsen staan constant onder druk van verstoring. Bovendien sterven er jaarlijks meer en meer kerkuilen in het verkeer.

Verdere beschermingsmaatregelen dringen zich op.