Pas in 1991 kon, na het nodige vooronderzoek en analyse van de resultaten, een concreet soortbeschermingsplan worden uitgeschreven. In 1993 werd de werkgroep gereorganiseerd en onder een nieuwe naam, Kerkuilwerkgroep Vlaanderen, en onder impuls van een Stuurgroep verder uitgebouwd en provinciaal gestructureerd vanaf 1994.

Ter gelegenheid van haar 15-jarig bestaan nam de Kerkuilwerkgroep Vlaanderen in april 1994 het initiatief om een tweedaagse internationale, en bovendien zéér geslaagde workshop over de kerkuil, zijn bescherming en het onderzoek in de buurlanden te organiseren. Een 40-tal 'specialisten' uit binnen- en buitenland namen deel aan deze workshop. Op dit ogenblik worden nog steeds een 30-tal buitenlandse contactpunten binnen dit netwerk door de werkgroep onderhouden.